/ jueves 27 de enero de 2022

Con software, científicos descubren más de 130 mil virus y podrían predecir pandemias

Esta herramienta utiliza un grupo de 22,500 procesadores de computadora

Serratus es un nuevo software informático que permite buscar secuencias virales en millones de muestras biológicas recolectadas y la cual descubrió más de 130,000 virus con ácido ribonucleico (ARN) desconocidos.

De acuerdo con el Comité Internacional de Taxonomía de Virus, se tienen identificados en el mundo más de 9,000 virus, pero esta nueva tecnología se encargó de analizar millones de muestras recolectadas por la comunidad biológica mundial. Los datos abarcan los últimos 13 años de todos los continentes, océanos y reinos de la vida.

¿CÓMO FUNCIONA ESTA TECNOLOGÍA?

El equipo de científicos detrás de Serratus publicó sus resultados en un artículo para la revista Nature en donde explican que el software se encargó de examinar 10 millones de gigabytes de información genética.

Con sus pruebas se habría descubierto 10 veces más el número de especies virales de ARN descritas hasta ahora. Gracias al análisis detallado de ciertas familias virales se descubrió más de 30 nuevas especies de coronavirus, incluidos algunos de vertebrados acuáticos como peces o anfibios.

Para hacerlo, la herramienta funciona en la nube al utilizar un grupo de 22,500 procesadores de computadora, lo que permitió la búsqueda masiva de secuencias virales en los millones de gigabytes de datos de secuenciación disponibles.

Este programa es capaz de concentrarse en fragmentos específicos de la secuencia de virus. Al respecto, cuentan con la búsqueda NT, que consiste en la búsqueda de nucleótidos de alta sensibilidad de genomas completos conocidos de todos los virus vertebrados RefSeq, excluyendo los retrovirus, y secuencias GenBank Coronaviridae.

Las secuencias están enmascaras para regiones de complejidad y contaminantes de plásmidos. Señalan que 3.8 millones de bibliotecas de secuenciación SRA se alinearon con cov3ma usando bowtie2.

Por otra parte, se encuentra la búsqueda RdRP, que es la utilizada para ubicar los nuevos virus de ARN al centrarse en el gen distintivo ARN polimerasa dependiente de ARN. Para ello, se tomaron todas las secuencias de RdRP de longitud completa y disponibles públicamente para agruparse con una identidad de aminoácidos del 90 por ciento para producir rdrp1.

LOS OBJETIVOS DE ESTE SOFTWARE

Los científicos detrás de Serratus señalaron que apenas el 0.001 por ciento de los virus en la Tierra son conocidos, por lo que, para prepararse para la siguiente pandemia, existe una necesidad urgente de caracterizar la gran diversidad planetaria de virus.

Ya algunos organismos como el Instituto de Biología Molecular y Celular de Plantas de Valencia (IBMCP) utilizó el software Serratus para analizar el virus que causa la hepatitis D en humanos, que es un agente viral llamado Delta, el cual cuenta con un genoma de tamaño mínimo y de origen desconocido.

Gracias al software se pudo describir la presencia de virus similares en muchos otros animales, incluidos los invertebrados. Junto a los investigadores del IBMCP, han participado en el proyecto científicos de Alemania, Francia y de la Universidad de California de Estados Unidos.

“La identificación del viroma de la Tierra es un paso fundamental en la preparación para la próxima pandemia. Sentamos las bases para futuras investigaciones al permitir el acceso directo a 883,502 secuencias que contienen ARN polimerasa dependiente de ARN (RdRP) que incluyen el RdRP de 131,957 nuevos virus de ARN, incluidos los 9 nuevos coronavirus”, explica el estudio.

La plataforma de descubrimiento viral se encuentra abierta para quien busque aprender de ella como descubrir sus resultados y puede explorarse en el sitio serratus.io

Serratus es un nuevo software informático que permite buscar secuencias virales en millones de muestras biológicas recolectadas y la cual descubrió más de 130,000 virus con ácido ribonucleico (ARN) desconocidos.

De acuerdo con el Comité Internacional de Taxonomía de Virus, se tienen identificados en el mundo más de 9,000 virus, pero esta nueva tecnología se encargó de analizar millones de muestras recolectadas por la comunidad biológica mundial. Los datos abarcan los últimos 13 años de todos los continentes, océanos y reinos de la vida.

¿CÓMO FUNCIONA ESTA TECNOLOGÍA?

El equipo de científicos detrás de Serratus publicó sus resultados en un artículo para la revista Nature en donde explican que el software se encargó de examinar 10 millones de gigabytes de información genética.

Con sus pruebas se habría descubierto 10 veces más el número de especies virales de ARN descritas hasta ahora. Gracias al análisis detallado de ciertas familias virales se descubrió más de 30 nuevas especies de coronavirus, incluidos algunos de vertebrados acuáticos como peces o anfibios.

Para hacerlo, la herramienta funciona en la nube al utilizar un grupo de 22,500 procesadores de computadora, lo que permitió la búsqueda masiva de secuencias virales en los millones de gigabytes de datos de secuenciación disponibles.

Este programa es capaz de concentrarse en fragmentos específicos de la secuencia de virus. Al respecto, cuentan con la búsqueda NT, que consiste en la búsqueda de nucleótidos de alta sensibilidad de genomas completos conocidos de todos los virus vertebrados RefSeq, excluyendo los retrovirus, y secuencias GenBank Coronaviridae.

Las secuencias están enmascaras para regiones de complejidad y contaminantes de plásmidos. Señalan que 3.8 millones de bibliotecas de secuenciación SRA se alinearon con cov3ma usando bowtie2.

Por otra parte, se encuentra la búsqueda RdRP, que es la utilizada para ubicar los nuevos virus de ARN al centrarse en el gen distintivo ARN polimerasa dependiente de ARN. Para ello, se tomaron todas las secuencias de RdRP de longitud completa y disponibles públicamente para agruparse con una identidad de aminoácidos del 90 por ciento para producir rdrp1.

LOS OBJETIVOS DE ESTE SOFTWARE

Los científicos detrás de Serratus señalaron que apenas el 0.001 por ciento de los virus en la Tierra son conocidos, por lo que, para prepararse para la siguiente pandemia, existe una necesidad urgente de caracterizar la gran diversidad planetaria de virus.

Ya algunos organismos como el Instituto de Biología Molecular y Celular de Plantas de Valencia (IBMCP) utilizó el software Serratus para analizar el virus que causa la hepatitis D en humanos, que es un agente viral llamado Delta, el cual cuenta con un genoma de tamaño mínimo y de origen desconocido.

Gracias al software se pudo describir la presencia de virus similares en muchos otros animales, incluidos los invertebrados. Junto a los investigadores del IBMCP, han participado en el proyecto científicos de Alemania, Francia y de la Universidad de California de Estados Unidos.

“La identificación del viroma de la Tierra es un paso fundamental en la preparación para la próxima pandemia. Sentamos las bases para futuras investigaciones al permitir el acceso directo a 883,502 secuencias que contienen ARN polimerasa dependiente de ARN (RdRP) que incluyen el RdRP de 131,957 nuevos virus de ARN, incluidos los 9 nuevos coronavirus”, explica el estudio.

La plataforma de descubrimiento viral se encuentra abierta para quien busque aprender de ella como descubrir sus resultados y puede explorarse en el sitio serratus.io

Policiaca

Caso Zyanya: Familiares acusan simulación y falta de avances en la investigación

Los padres de la hoy occisa están a la espera de la fecha para la próxima audiencia

Estado

Pedro García rinde protesta como alcalde suplente en Acatlán

En sesión de Cabildo se otorgó una licencia de 90 días a Arturo "N", presidente municipal de Acatlán, en lo que resuelve su situación jurídica

Estado

Con Irene Olea, se dispara 35.5% robos y narcomenudeo en Izúcar

En los primeros cuatro meses del 2022, la incidencia delictiva registra una tendencia al alza con respecto al mismo periodo de 2021

Doble Vía

Día de suerte; pescador se encuentra perla en una almeja que iba a comer

El pescador aseguró no tener intenciones de venderla, pues le atribuye el significado de buenas nuevas para él y su comunidad

Sociedad

En México un policía es asesinado cada día: Causa en Común

Datos del Gobierno Federal refieren que en lo que va del sexenio la Secretaría de la Defensa Nacional incrementó su presupuesto en casi 40 por ciento

Local

Escuelas sí podrán apartar lugares en calles de Puebla: dirección de Normatividad

Esta medida solo será por horas, es decir, a la hora de entrada y salida de los alumnos para evitar tráfico vial

Local

Son nueve policías estatales detenidos por caso Coyomeapan: Barbosa

El gobernador reiteró que los policías repelieron el ataque que recibieron por parte de los pobladores

Gossip

El Puma inicia su gira de conciertos en Puebla

El intérprete se presentará este día, 25 de mayo, con su primer espectáculo 2022 en el Complejo Cultural Universitario

Virales

¿Calor derrite zapato de una estudiante?... video en TikTok se hace viral

El clip, que ya cuenta con más de 2 millones de vistas, generó todo tipo de reacciones por parte de los usuarios