Desde el 2014, la federación no ha otorgado recursos al estado de Puebla para que realice investigaciones en el Río Atoyac, pese a que Puebla se colocó como el segundo estado a nivel nacional con más recomendaciones para el río, por violaciones a derechos humanos cometidas por empresas privadas y públicas, de acuerdo con la Comisión Nacional de Derechos Humanos (CNDH).
De acuerdo con el portal de transparencia presupuestaria, en el segmento de Obra Pública Abierta (OPA) la entidad poblana no recibe presupuesto desde hace 5 años para tratar la contaminación del Río Atoyac.
El último presupuesto avalado fue para un estudio de factibilidad técnica, un estudio económico y un anteproyecto que revisaría el río Atoyac y sus afluentes en la zona urbana de San Martín Texmelucan. La dependencia a cargo fue la Comisión Nacional del Agua (CONAGUA) y fue un programa de estudio de pre-inversión.
El objetivo de dicho proyecto era realizar estudios de pre-inversión en el Río Atoyac y sus afluentes, para minimizar riesgos por inundación y afectaciones a la población. La fecha de inicio fue el primero de agosto de agosto del 2014 y terminó el 30 de septiembre del 2018.
Sin embargo, no se especificó si cumplieron con su supuesto beneficio que era encontrar la solución óptima para proteger a la población de San Martín Texmelucan, contra inundaciones.
Para todo lo anterior se probó una cantidad de 23 millones 963mil 86 pesos y su estatus sigue vigente.
Fue el 19 de junio, que El Sol de Puebla publicó que, el estado de Puebla contabilizó cuatro recomendaciones desde 1900 a diciembre de 2018 por agravios a Derechos Humanos cometidas por empresas hacia el Río Atoyac.
La primera recomendación se encuentra registrada en el expediente 101/1992 y fue hacia el Secretario de Desarrollo Urbano y el presidente municipal de Tehuacán, debido a que una fábrica maquiladora arrojó compuestos químicos al drenaje que afectó a la comunidad; la segunda está en el expediente 10/2017 y fue dirigida al Secretario de Medio Ambiente y Recursos Naturales, el director general de Conagua, Procurador Federal de Protección al Ambiente, los gobernadores del estado de Puebla y Tlaxcala, así como a los alcaldes de San Martín Texmelucan, Huejotzingo, Tepetitla, Nativitas e Ixtacuixtla; La tercera recomendación 51/2017 fue hacia el Instituto Nacional de Migración debido a que en 2006; y el cuarto expediente 3/2018 fue dirigido a los titulares de la Semarnat, Comisión Federal de Electricidad (CFE) y la Comisión Nacional para el Desarrollo de los Pueblos Indígenas (CDI), porque en 2010 la Secretaría de Energía determinó instalar una central de ciclo combinada en Morelos, originando un proyecto que incluye la construcción de termoeléctricas.