La Auditoría Superior de la Federación (ASF) hizo 27 observaciones a la construcción del segundo piso de la autopista México-Puebla (que fue inaugurado en octubre de 2016, con una inversión de 10 mil 500 millones de pesos), de las cuales nueve ya fueron solventadas y las 18 restantes generaron dos recomendaciones, nueve solicitudes de aclaración y ocho peticiones de aplicar sanciones administrativas.
Según una revisión que hizo el organismo fiscalizador federal a la cuenta pública 2016 de Puebla -el último año del gobierno de Rafael Moreno Valle Rosas-, dentro de las observaciones destacan que el gobierno estatal autorizó a las concesionarias OHL y Pinfra que el viaducto iniciara operaciones sin que se hubieran concluido los trabajos de construcción.
También se observó que la administración del entonces gobernador Rafael Moreno Valle Rosas otorgó a la concesionaria un mes de libre disposición de los ingresos obtenidos por el flujo vehicular bajo el concepto de incentivos que no contabilizaron para el cálculo de la tasa de rendimiento garantizada.
En un recorrido realizado conjuntamente entre personal de la ASF y el gobierno de Puebla en los meses de junio y septiembre de 2017, se observó que existe filtración de aguas pluviales en el interior de las trabes prefabricadas; presencia de manchas y humedades en cabezales, trabes, losas y prelosas; la desconexión de ramales de tuberías de PVC, carencia de marcos y tapas en los registros, filtración de agua y humedad en los registros hidráulicos ubicados en el interior de las trabes, lo que podría causar corrosión en los elementos de concreto armado.
Dentro de las observaciones también se evidenció que el gobierno estatal está prohibiendo a los transportistas de carga, mediante señalética, circular por la parte baja de la autopista, obligándolos a circular por el libramiento elevado y por ende pagar cuota, lo cual no está normado en el reglamento de tránsito de Puebla y violenta al particular respecto de la utilización de las vías de comunicación federales sobre su garantía de libre tránsito.
Otro de los señalamientos que hizo la ASF fue que el gobierno de Puebla autorizó a la concesionaria la aplicación de cuotas e incrementos a las mismas, sin que fueran sometidas previamente a la Secretaría de Comunicaciones y Transportes para su aprobación y entrada en vigor; además, se constató que no se aplica una tarifa diferenciada para los usuarios que descienden en las salidas ubicadas en el Bulevar Hermanos Serdán y en el Distribuidor Santa Ana Chiautempan, por lo que la concesionaria cobra a los usuarios que pagan en efectivo la misma tarifa de 55 pesos que se cobran para el viaje completo de 15.3 kilómetros.